No início do Cristianismo, o altar era de madeira, tendo a forma das mesas usadas nas refeições, pois a Eucaristia era celebrada nas casas particulares.

O altar de pedra generalizou-se, sobretudo no Ocidente, devido ao costume de celebrar as festas dos mártires sobre a pedra do seu sepulcro.

Com a paz de Constantino e, mais especialmente, sob o pontificado do Papa Dâmaso (366-384) foram construídas, tanto em Roma como noutras cidades, basílicas e igrejas em honra dos mártires mais ilustres, sendo os altares erigidos sobre seus túmulos.

O Liber Pontificalis atribui ao Papa Félix (269-274) um decreto no qual se ordena celebrar a Missa sobre os túmulos dos mártires.[1]

Com o correr dos séculos, a simbologia do altar ficou associada também ao fato de ser de pedra, como se pode ver pela interpretação dada pelo Doutor Angélico, na Suma Teológica:

Isso convém ao significado da Eucaristia, seja porque o altar simboliza a Cristo, como diz Paulo: “este rochedo era o Cristo” (Cor 14,4), seja também porque o corpo de Cristo foi sepultado num sepulcro de pedra. 

Além disso, convém ao uso do Sacramento, uma vez que a pedra é sólida  e pode ser encontrada em qualquer parte. [2]

Esse antiquíssimo costume de celebrar a Missa sobre os túmulos dos mártires está na origem da recomendação da Igreja de colocar sob a pedra do altar relíquias de mártires ou de Santos.

[1] Constituit supra memorias martyrum missas celebrare, Lib. Pont., ed. Duchesne, I, 158.

[2]  S.Th. III, q. 83. a. 3, ad 5.