Em 1603, o jovem príncipe Federico Cesi fundou em Roma junto com três amigos a Accademia Lincea – Academia dos Linces. O nome foi adotado por possuir esse felino uma vista muito aguçada, atributo reputado necessário para penetrar nos segredos da natureza.

Nascia assim a primeira academia científica do mundo, cujos objetivos, porém, transcendiam o mero estudo científico, pois seus membros, de acordo com os estatutos, visavam melhor conhecer os elementos da natureza levando uma vida de honestidade e piedade. 

Declarava-se também neles que os trabalhos de pesquisa deviam ser precedidos de oração, em concreto do Ofício litúrgico da Beata Virgem Maria e do Saltério.

Sob os auspícios do Papa Clemente VIII a instituição se expandiu e adquiriu fama, servindo de modelo para instituições similares, como a Royal Society, fundada em 1662 em Londres, e a Académie des Sciences, erigida em Paris no ano 1666.

Depois do falecimento de Federico Cesi as atividades da academia entraram em declínio.

Mas em 1847 o Papa Pio IX fez reviver a instituição com o nome de Pontificia Accademia dei Nuovi Lincei. E em 1936 Pio XI deu-lhe seu atual título: Pontificia Accademia delle Scienze – Academia Pontifícia das Ciências.

Além de uma longa história, a Academia Pontifícia das Ciências possui renome internacional.

Setenta dos pesquisadores que conquistaram o Prêmio Nobel entre os anos 1902 e 2007, foram membros dessa academia. De 1972 a 1988, seu presidente foi o biólogo brasileiro Carlos Chagas.